گروه آموزشی مهندسی ماشین‌های کشاورزی در سال 1342 هجری خورشیدی با ایجاد رشته مهندسی کشاورزی - ماشین‌های کشاورزی تشکیل شد. در سال 1350 اولین دوره کارشناسی ارشد و در سال 1374 اولین دوره دکتری در رشته مهندسی کشاورزی - مکانیک ماشین‌های کشاورزی در این گروه دایر شد. گروه در سال 1384 برای اولین دوره در مقطع کارشناسی و کارشناسی ارشد در رشته مهندسی کشاورزی - مکانیزاسیون کشاورزی دانشجو پذیرفت و با پیگیری‌های مستمر موفق به راه اندازی مقطع دکتری این رشته در سال 1387 شد. گروه در سال 1392 برای اولین دوره در مقطع کارشناسی در رشته مهندسی ماشین‌های صنایع غذایی دانشجو پذیرفت. پس از بازنگری که در رشته‌های مهندسی کشاورزی - مکانیک ماشین‌های کشاورزی و رشته مهندسی کشاورزی - مکانیزاسیون کشاورزی در سال 1392 در شورای عالی برنامه‌ریزی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری صورت گرفت، مصوب شد که رشته‌های مهندسی مکانیک بیوسیستم در سه گرایش طراحی ماشین‌های کشاورزی، انرژی‌های تجدیدپذیر، فناوری پس از برداشت و مهندسی مکانیزاسیون کشاورزی در سه گرایش مدیریت و تحلیل سامانه‌ها، انرژی، بازیافت و مدیریت پسماند جایگزین دو رشته مذکور گردند.